Tháng 5, 1960, khi Trường Kinh Thánh dời vào Nha Trang, Mục sư Ông Văn Huyên trở thành Viện trưởng đầu tiên của trường với tên gọi mới là Thánh Kinh Thần học viện.[1] Ông phục vụ ở cương vị này cho đến năm 1976.

Trong thời kỳ ở Nha Trang, ông tham gia sáng lập Chẩn y viện Tin Lành, Cô nhi viện, Viện Dưỡng lão, Phòng Ghi âm...các cơ sở này đều tọa lạc ở khu vực Hòn Chồng, Nha Trang, Khánh Hòa.[2]